Kariera klubowa
Przygodę z piłką siatkową rozpoczynał w lokalnych klubach Rybnika. Jego pierwszym trenerem był Adam Łyczko. z początku grał w RMKS-ie, i następnie w UKS-ie Grom. z kolei przeniósł się do Radlina, iżby reprezentować barwy miejscowego Górnika. w pierwszej chwili występował w drużynie juniorów. W międzyczasie był podobnie graczem SMS-u Spały, której był absolwentem. W sezonie 2003/2004 z radlińskim zespołem awansował do Polskiej Ligi Siatkówki, zajmując 2. punkt zbyt Resovią Rzeszów. W barażach Górnik pokonał BBTS Siatkarz-Original Bielsko-Biała, kto w tabeli końcowej ekstraklasy zajął 9. pozycję. więc Sebastian Pęcherz w zespole pełnił rolę podstawowego zawodnika.
W następnym sezonie siatkarz był notowany jako gracz w wyjściowej "szóstce". W Polskiej Lidze Siatkówki zadebiutował w 1. kolejce w przegranym na własnym parkiecie spotkaniu z AZS-em Olsztyn 0:3. z kolei z drużyną zanotował porażki ligowe z Pamapolem AZS Częstochowa i ze Skrą Bełchatów. pierwotny zwycięski set zaliczył w 5. serii spotkań, ulegając Polskiej Energii Sosnowiec 1:3, przeciw zaś zupa punkty wywalczył z Górnikiem w następnym meczu wygranym z Mostostalem-Azoty Kędzierzyn-Koźle. Po rundzie zasadniczej radlinianie uplasowali się przydatny w strefie spadkowej. W rozgrywkach play-off o wikt przegrali rywalizację z sąsiadującym w tabeli, AZS-em Nysa. W Pucharze własny nie awansowali do rundy finałowej. W tym sezonie Sebastian Pęcherz rozegrał 23 spotkania w Polskiej Lidze Siatkówki, zdobywając w nich 393 punkty.
W 2005 roku przeszedł do Jadaru Sport Radom, występującego w I lidze (zaplecze ekstraklasy). przez nie całkiem całe rozgrywki radomianie zajmowali pozycję lidera, z której przystępowali do meczów play-off. pod wodzą Grzegorza Wagnera Pęcherz z zespołem w 27 spotkaniach zaliczył 23 zwycięstwa. z tą drużyną gracz awansował do finału rozgrywek. W decydującym meczu pokonał Chemika Delectę Bydgoszcz 3:2 i w związku z tym wywalczył rozwój do Polskiej Ligi Siatkówki. W tej edycji zmagań był najskuteczniejszym graczem radomskiego zespołu.
W kolejnym sezonie w inauguracyjnej kolejce ekstraklasy radomianie ulegli obrońcy tytułu mistrza Polski, Skrze Bełchatów 0:3. W 2. serii spotkań Pęcherz z radomskim zespołem pokonał we Wrocławiu miejscową Gwardię w trzech setach. przez parę meczów Jadar plasował się na ostatnim miejscu. Po rundzie zasadniczej zajął 7. pozycję. Tę samą lokatę wywalczył po rozgrywkach play-off.
Podczas przerwy rozgrywek klubowych o Sebastiana Pęcherza starała się Skra Bełchatów. O pozostaniu zawodnika w Radomiu zadecydowało m.in. przejście do bełchatowskiej drużyny Stéphana Antigi i Michała Bąkiewicza[1]. nim sezonem został wybrany kapitanem radomskiego zespołu. Wyboru tego dokonali zawodnicy[2].
W inauguracyjnym meczu Polskiej Ligi Siatkówki z radomianami wywalczył pozycja ewidencyjna przeciw AZS-owi Częstochowa. W tym spotkaniu zdobył najwięcej, 28 punktów, mając wobec tym więcej niż 81% skuteczności. W czterech pierwszych kolejkach Pęcherz z drużyną nie wygrał żadnego spotkania. W wygranym pojedynku z obrońcą tytułu mistrza kraju, Skrą Bełchatów, został wybrany najlepszym graczem meczu[3]. Po rundzie zasadniczej z zespołem zajął 7. miejsce, przeciw zaś po samych porażkach w play-off uplasował się na 8. pozycji.